醫院潔凈工程不僅指醫療機構內的凈化空間，如潔凈手術部、ICU，還包括醫療機構內部整體污染控制工程，如整體氣流組織、整體布局等。醫院潔凈工程能夠為病人和醫護人員創造良好的醫療環境，提高醫療救治水平，因此得到醫療機構的廣泛認可。但是隨著醫院潔凈工程驗收及運行，一些問題已經開始引起醫療機構的關注。